أنشئت كلية العلوم في العام الجامعي 1393\1394هـ الموافق 1973\1977م وكانت تشمل الأقسام العلمية التالية: قسم الرياضيات، قسم الفيزياء، قسم الكيمياء، قسم الجيولوجيا، قسم الأحياء. ثم أنشئ بعد ذلك قسم لعلوم البحار وقسم الأرصاد وشعبة للعلوم الفلكية تابعة لقسم الفيزياء. ومع مطلع العام الجامعي 1398\1399هـ انفصل قسم علوم البحار حيث أصبح معهداً مستقلاً قائماً بذاته تابعاً للجامعة وتحت إشرافها ثم عدل اسمه في العام الجامعي 1400\1401هـ إلى كلية علوم البحار ، كما إن قسم الجيولوجيا انضم إلى معهد الجيولوجيا التطبيقية الذي كان يتبع الجامعة من الناحية الأكاديمية بالتعاون مع وزارة البترول والثروة المعدنية حيث كونا كلية علوم الأرض، وفي مطلع العام الجامعي 1399/1400 هـ انفصلت شعبة الفلك عن قسم الفيزياء وأصبحت قسما للعلوم الفلكية ولمواكبة التطور العلمي والتقني ولإعداد الطاقات البشرية المؤهلة فقد تم استحداث قسم الإحصاء وشعبة لعلوم الحاسبات تابعة لقسم الرياضيات وكذلك شعبة للكيمياء الحيوية تابعة لقسم الكيمياء. ثم انفصلت شعبة الكيمياء الحيوية عن قسم الكيمياء في العام الجامعي 1404/1405هـ وأصبحت قسما للكيمياء الحيوية. وفي العام الجامعي 1405/1406هـ انفصلت شعبة الحاسبات عن قسم الرياضيات وأصبحت قسما لعلوم الحاسبات ومن ثم إلى كلية مستقلة تحت مسمى كلية علوم الحاسبات وتقنية المعلومات. فأصبحت أقسام كلية العلوم سبعة وهي كالآتي: قسم علوم الأحياء، قسم الرياضيات، قسم الفيزياء، قسم الكيمياء، قسم الكيمياء الحيوية، قسم الإحصاء، قسم العلوم الفلكية.